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碳１３與碳１４在準確性方面并無顯著區別，換句話說，兩者檢測結果的可靠性一致。
他們的區別在于：
碳１３是穩定同位素，無放射性，如用碳１３標記的尿素進行檢測，需要扣除自然界中的碳１３本底。因此，需要在服藥前和服藥后３０分鐘的２個時間點，分別采集同一例被檢者的呼出氣體進行檢測。
碳１４是不穩定同位素，具有一定的放射性，衰變時釋放出低能量 β 射線，其生物半衰期約為６小時，檢測中所用碳１４標記的尿素劑量極小，目前認為含有０．７５ μＣｉ 的碳１４標記的尿素膠囊用于幽門螺桿菌感染檢測，對環境、被檢測者和操作者基本無輻射影響，安全性好，操作人員無須采取任何防護措施。由于大氣和日常呼氣中沒有明顯的碳１４本底，在檢測過程中僅需要采集１次呼出氣體即可。目前，該方法不推薦用于妊娠期和哺乳期。
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